Стабильно убыточна и деятельность ГУП «Севастопольский морской порт»: в 2018 году убытки составили 188 млн. руб. (грузооборот упал до 200 тыс. тонн), в 2017 — 63 млн руб., в 2015 — 115 млн. рублей.
Структура грузов. По данным издания
«Порты Украины», в 2013 году в структуре грузооборота крымских торговых портов ведущие позиции занимали нефтепродукты и нефть (4 млн тонн), металлы (3,2 млн тонн), зерновые (1,4 млн тонн), строительные грузы (0,75 млн тонн), уголь (0,54 млн тонн). На сегодня львиная часть этих грузопотоков исчезла, а сам грузооборот перераспределился в пользу Керченского морского порта — его доля увеличилась до 82%, объемы перевалки в остальных портах обвалились.
По данным «Крымских морских портов», 90% перевозок осуществляется в порты РФ и лишь 10% – по другим направлениям. При этом внешнеторговый оборот Крыма продолжает падать. В 2019 году в сравнении с 2013 он сократился более чем в 20 раз! По данным Eurasianet.org, с 2017 по 2018 года объем экспортных и импортных грузов в крымских портах (включая Севастополь) сократился с 691,8 тыс. до 642 тыс. тонн. Учитывая, что в 2018 году грузооборот крымских портов составлял 8,7 млн тонн, то доля экспорта в нем — менее 10%.
В последние годы на первом месте в структуре незаконного экспорта через порты Крыма — продовольственные товары и сельхозсырье: в 2019 году они составляли чуть более половины всего экспорта из Крыма (
на $17,4 млн из $33,7 млн) В основном это зерно, которое поставляется морем в страны Ближнего Востока, преимущественно в Сирию. По данным Россельхознадзора, экспорт зерна из Крыма в 2019 году превысил 307 тыс. тонн: в основном это пшеница (210 тыс. 19 тонн), ячмень (97 тыс. 73 тонны), горчица (127 тонн).
В апреле 2019 года Крым и Сирия подписали меморандум о торгово-экономическом сотрудничестве, который предполагал создание совместной судоходной компании для обеспечения регулярных морских грузоперевозок между портами Латакии и Крыма. Однако и к концу 2020 года эти планы не осуществились. Как и планы «главы Крыма» использовать украденный флот украинского «Черноморнефтегаза» для разведки углеводородов у берегов Сирии.
Незаконные отгрузка и экспорт зерна из Крыма за исключением рейдовой перевалки осуществляется через два частных зерновых терминала. Первый находится в Доковой бухте Севастополя и принадлежит Стивидорной компании «Авлита», владельцем которой через «Портинвест» был украинский олигарх Ринат Ахметов.