Стабільно збиткова і діяльність ДУП «Севастопольський морський порт»: у 2018 році збитки склали 188 млн. руб. (вантажообіг впав до 200 тис. тонн), в 2017 – 63 млн руб, в 2015 – 115 млн. рублів.
За даними видання
«Порти України», в 2013 році в структурі вантажообігу кримських торговельних портів провідні позиції займали нафтопродукти і нафта (4 млн тонн), метали (3,2 млн тонн), зернові (1,4 млн тонн), будівельні вантажі ( 0,75 млн т), вугілля (0,54 млн тонн). На сьогодні левова частина цих вантажопотоків зникла, а сам вантажообіг перерозподілився на користь Керченського морського порту – його частка збільшилася до 82%, обсяги перевалки в інших портах обвалилися.
За даними «Кримських морських портів», 90% перевезень здійснюється в порти РФ і лише 10% – за іншими напрямами. При цьому зовнішньоторговельний оборот Криму продовжує падати. У 2019 році в порівнянні з 2013 роком він скоротився більш ніж в 20 разів! За даними
Eurasianet.org, з 2017 по 2018 рік обсяг експортних і імпортних вантажів в кримських портах (включаючи Севастополь) скоротився з 691,8 тис. до 642 тис. тонн. З огляду на те, що в 2018 році вантажообіг кримських портів становив 8,7 млн тонн, то частка експорту в ньому – менше 10%.
В останні роки на першому місці в структурі незаконного експорту через порти Криму – продовольчі товари і сільгоспсировина: в 2019 році вони становили трохи більше половини всього експорту з Криму
(на $ 17,4 млн з $ 33,7 млн). В основному це зерно, яке поставляється морем до країн Близького Сходу, переважно в Сирію. За даними Россільгоспнагляду, експорт зерна з Криму в 2019 році перевищив 307 тис. тонн: в основному це пшениця (210 тис. 19 тонн), ячмінь (97 тис. 73 тонни), гірчиця (127 тонн).
У квітні 2019 року Крим і Сирія підписали меморандум про торгово-економічне співробітництво, яке передбачає створення спільної судноплавної компанії для забезпечення регулярних морських вантажоперевезень між портами Латакії і Криму. Однак і до кінця 2020 року ці плани не здійснилися. Як і плани «глави Криму» використовувати вкрадений флот українського «Чорноморнафтогазу» для розвідки вуглеводнів біля берегів Сирії.
Незаконні відвантаження і експорт зерна з Криму за винятком рейдової перевалки здійснюється через два приватних зернових термінали. Перший знаходиться в Доковій бухті Севастополя і належить стивідорній компанії «Авліта», власником якої через «Портінвест» був український олігарх Ринат Ахметов.